保护区1994年成立，2000年晋升为国家级。

2002年列入国际重要湿地名录。

2006年被国家林业局确定为“全国自然保护区示范单位”。

2008年12月被中国自然科学博物馆协会授予“二零零八年度先进集体”。

2008年被中国自然科学博物馆授予“中国自然科学博物馆协会团体会员单位”。

2008年被全国鸟类环志中心列为表彰单位。

2009年12月被全国鸟类环志中心授予“二零零九年度全国鸟类环志”先进单位。

2010年被黑龙江省人民政府授予“全国自然保护区工作先进集体”。

2011年1月被黑龙江省爱国卫生运动委员会授予“省级卫生先进单位”。

2012年被黑龙江省湿地管理领导小组授予“黑龙江省湿地建设先进单位”。

2013年三江保护区森林公安局荣获黑龙江省森林公安机关年度工作综合考评第二名佳绩。

2013年成功举办了“爱鸟周”、“国际湿地日”等宣传活动，5月份参加的由中央电视台发起的“美丽中国·湿地行”大型公益活动，成功拍摄了纪录片《三江寻奇》受到广泛好评。三江湿地成功从60多个参选湿地中脱颖而出，荣获了全国 “魅力湿地特别关注奖”。

2015年12月被国家林业局授予“保护森林和野生动植物资源先进集体”。

2016年郑志刚同志获得“六五”普法先进个人荣誉称号。

2016年11月被黑龙江省和谐单位创建评选活动组委会授予“十佳和谐机关”的荣誉。

2017年被评为国家级文明单位。